Remplaçant sans doute une antique chapelle, la partie ancienne de l’église qui comprend le sanctuaire et le chœur a été construite à la fin du XIIème siècle ou au commencement du XIIIème siècle.
En 1515, fut édifié la chapelle du Sépulcre en contrebas de l’église.
L’église a pour patron Saint Jean Baptiste. C’est une des plus visitées du département de l’Aube.
Décrire l’église en détails serait trop long tant elle recèle de trésors. Si l’extérieur n’a rien d’exceptionnel, sa statuaire intérieure est tout simplement remarquable. L’orgue a été construit en 1696 par Louis Le Bé, facteur d’orgues. La tribune à caissons est supportée par six colonnes torses en bois ornées de pampres, chaque extrémité de la tribune est surmontée d’un vase sculpté.
L’orgue actuel qui comprend 25 jeux a été restauré en 1976 à Troyes.
Cet orgue baroque exceptionnel a été classé monument historique le 27 juillet 1959 pour la tribune et le buffet, et le 19 juillet 1962 pour la partie instrumentale.
L’église de Chaource conserve un nombre spectaculaire de sculptures médiévales et fait véritablement figure de musée de la sculpture troyenne. Cette collection est remarquable par la haute valeur de certaines pièces.
